郑果所李杏团队发布杏高质量参考基因组

作为蔷薇科（Rosaceae）李属（Prunus）的重要成员，杏（Prunus armeniaca L.）是全球广泛栽培的温带果树。其果实营养丰富、风味独特，鲜食加工两宜，经济价值显著；同时，杏树在水土保持与荒漠化防治等方面亦具有重要生态价值。然而，与其他近缘果树物种相比，杏的基因组研究相对滞后，限制了性状解析与分子育种进程。近日，中国农业科学院郑州果树研究所李杏种质改良团队完成了代表性杏品种‘金太阳’的高质量基因组破译工作，为该物种重要经济性状改良奠定遗传学基础。相关研究成果5月2日发表于国际知名期刊《Scientific Data》（IF5-Year 8.7）。

研究团队综合运用Illumina短读长测序、PacBio HiFi高精度测序、ONT超长读长测序及Hi-C染色体挂载多平台测序技术，首次实现了优良杏品种‘金太阳’端粒到端粒（T2T）无缺口基因组组装。该基因组全长251.36 Mb，各项核心质控指标表现良好：Contig N50达32.04 Mb，BUSCO基因完整度为98.8%，长末端重复序列组装指数（LAI）15.99，一致性质量值（QV）高达59.75。该T2T组装成功解析了全部8个着丝粒区域及14条完整的端粒结构，为基因组结构完整性提供了有力证据。基因组注释结果显示，杏基因组重复序列占比43.38%，共预测得到25999个蛋白编码基因。与已报道的‘金太阳’基因组草图相比，该T2T基因组成功填补了172个残留缺口，累计补全序列达1.27 Mb，显著提升了基因组的连续性与完整性。进一步的结构变异分析显示，与草图相比，T2T版本中存在易位894个（约2.55 Mb，占基因组1.01%）、倒位51个（约1.05 Mb，占0.42%）以及重复序列106个（约0.18 Mb，占0.07%）。

该研究是郑果所在“李属基因组计划”方面取得的又一重要进展，得到中国农业科学院所级青年英才培育项目（CAAS-ASTIP-ZFRI-05-202502）、中国农科院科技创新工程（CAAS-ASTIP-2026-ZFRI）、重庆市人民政府与中国农业科学院战略合作项目（CQ-CAAS-08）及河南省科技兴林（YLK202404）等项目的资助。（通讯员：齐文莉）